{"id":56,"date":"2013-09-09T12:00:11","date_gmt":"2013-09-09T12:00:11","guid":{"rendered":"http:\/\/triton.exp.dc.uba.ar\/predictivos\/?p=56"},"modified":"2013-09-09T15:22:39","modified_gmt":"2013-09-09T15:22:39","slug":"un-predictor-en-bioinformatica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/?p=56","title":{"rendered":"Un predictor en bioinform\u00e1tica"},"content":{"rendered":"

\"Matias<\/a><\/p>\n

Leyendo tu curr\u00edculum, entiendo que ten\u00e9s gran afinidad con temas de desarrollo de software y bioinform\u00e1tica. \u00bfPodr\u00edas contarme espec\u00edficamente sobre tu trabajo?<\/b><\/p>\n

Desde el a\u00f1o 2000 trabajo en LIFIA, laboratorio de TI de la Universidad de La Plata (UNLP).Particip\u00e9 en proyectos de investigaci\u00f3n y de transferencia tecnol\u00f3gica en Buenos Aires, Portugal e Italia. En 2009, el Dr. Mart\u00edn Abba investigador CONICET, contact\u00f3 al LIFIA con la idea de compartir proyectos sobre gen\u00f3mica funcional en c\u00e1ncer de mama. Debido a que la bionform\u00e1tica no es un campo actual de investigaci\u00f3n del LIFIA, nos pusieron en contacto con Mart\u00edn y me sum\u00e9 a su equipo en CINIBA, Facultad de Medicina de la UNLP.\u00a0 En ese momento ya hab\u00eda terminado de cursar la Maestr\u00eda y mi inter\u00e9s en Data Mining estaba dirigido completamente al dominio de la medicina, en particular en la biolog\u00eda molecular del c\u00e1ncer.\u00a0 Actualmente sigo trabajando en LIFIA y en CINIBA.\u00a0<\/b><\/p>\n

\u00bfFue productivo ese encuentro?<\/b><\/p>\n

S\u00ed, por supuesto.\u00a0 Aprend\u00ed mucho sobre el dominio trabajando con Mart\u00edn. Como todo trabajo interdisciplinario, es muy gratificante y productivo.<\/p>\n

Con el objetivo de encontrar biomarcadores con valor pron\u00f3stico y predictivo en c\u00e1ncer de mama, analizamos grandes bases de datos de gen\u00f3mica funcional. Publicamos, luego, una metodolog\u00eda de meta-an\u00e1lisis de biomarcadores existentes y un conjunto de 117 genes con valor pron\u00f3stico en este tipo de carcinomas. Trabajamos con R, bioconductor y varias herramientas m\u00e1s de gen\u00f3mica funcional. Adem\u00e1s, desarrollamos programas para automatizar algunas tareas que resultaban tediosas como para hacerlas manualmente.<\/p>\n

Para simplificar la aplicaci\u00f3n de esa metodolog\u00eda propuesta y de tener una base sobre la cual implementar nuevas ideas para el an\u00e1lisis y validaci\u00f3n de biomarcadores en c\u00e1ncer, comenzamos con el desarrollo de Bioplat, que luego se convirti\u00f3 en el trabajo de mi tesis. Mart\u00edn fue mi director. En 2011 presentamos este trabajo para una beca de investigaci\u00f3n del Instituto Nacional del C\u00e1ncer y fue seleccionado. En diciembre de ese a\u00f1o termin\u00e9 la Tesis, titulada \u201cMetodolog\u00eda anal\u00edtica e integradora para la generaci\u00f3n de biomarcadores de pacientes con c\u00e1ncer de mama sobre la\u00a0 base de perfiles de expresi\u00f3n g\u00e9nica<\/i>\u201d.\u00a0<\/b><\/p>\n

\u00bfC\u00f3mo se resume y se aplica el tema de tu Tesis?<\/b><\/p>\n

Primero, algo de contexto. El c\u00e1ncer comprende a ciertas enfermedades que se caracterizan por presentar alteraciones en los mecanismos que gobiernan la proliferaci\u00f3n, la diferenciaci\u00f3n, el anclaje y la migraci\u00f3n celular. Por su lado, la gen\u00f3mica funcional se encarga de la recolecci\u00f3n sistem\u00e1tica de informaci\u00f3n sobre la funci\u00f3n y la interacci\u00f3n entre genes\u00a0 y\/o prote\u00ednas, mediante la aplicaci\u00f3n de aproximaciones experimentales globales. Una de las \u00e1reas de la biomedicina que m\u00e1s se ha beneficiado con la gen\u00f3mica ha sido la oncolog\u00eda; tanto para entender los mecanismos b\u00e1sicos de los procesos de transformaci\u00f3n neopl\u00e1sica, como para el desarrollo de nuevos servicios para un mejor pron\u00f3stico y evaluaci\u00f3n del riesgo en pacientes oncol\u00f3gicos, que ayuden a determinar el tratamiento m\u00e1s adecuado. Esto ha abierto una nueva \u00e1rea de investigaci\u00f3n en oncolog\u00eda, basada en la caracterizaci\u00f3n gen\u00f3mica de las neoplasias: la oncogen\u00f3mica.<\/p>\n

Nuestro trabajo se enmarca en ese dominio: oncogen\u00f3mica. El principal objetivo en los an\u00e1lisis que realizamos, es la comparaci\u00f3n de perfiles gen\u00e9ticos para detectar genes que est\u00e9n diferencialmente expresados en pacientes con c\u00e1ncer en la localizaci\u00f3n de estudio. Y la materia prima son los genomas de pacientes. Luego de su preprocesamiento, llegamos a medidas cuantitativas de la expresi\u00f3n simult\u00e1nea de cada uno de los genes.\u00a0 Obtenemos estos datos a partir de colaboraciones con otras instituciones y de grandes bases de datos gen\u00f3micas.<\/p>\n

La tesis tuvo dos productos. Por un lado, un biomarcador de 55 genes con valor pron\u00f3stico en carcinomas ductales de mama; por el otro Bioplat, una plataforma para la identificaci\u00f3n y validaci\u00f3n de biomarcadores en c\u00e1ncer que se nutre de todos los datos que te mencion\u00e9 antes. Si bien R y Bioconductor son nuestras herramientas principales de an\u00e1lisis, Bioplat se convirti\u00f3 en una herramienta adicional para algunos de nuestros an\u00e1lisis. En breve la estaremos publicando.<\/p>\n

Aprovecho para agradecer al Lic. Hern\u00e1n Chanfreau y Mg. Diego Garc\u00eda (egresados de la UNLP) y Diego Mart\u00ednez (tesista de la UNLP) que se sumaron al proyecto de Bioplat luego de la presentaci\u00f3n de la tesis. Han aportado mucho a la implementaci\u00f3n y actualizaci\u00f3n tecnol\u00f3gica de la plataforma.<\/b><\/p>\n

\u00bfQu\u00e9 cantidad de casos abarcaron en el an\u00e1lisis?<\/b><\/p>\n

En oncogen\u00f3mica, a diferencia de otros dominios, lo que predominan no son los casos sino los datos de cada caso. Tradicionalmente, cada uno de los experimentos utilizados no tiene m\u00e1s de 300 casos, pero de cada uno se conoce informaci\u00f3n de expresi\u00f3n de todos los genes del Genoma Humano.<\/p>\n

De todas maneras, esto est\u00e1 cambiando gracias a las tecnolog\u00edas de Next Generate Secuencing (NGS) que est\u00e1 revolucionando el campo. Cada vez se generan mayor cantidad de datos en menor cantidad de tiempo. Por ello, t\u00e9cnicas adecuadas de an\u00e1lisis, e infraestructura para el procesamiento, son actores principales en la investigaci\u00f3n de enfermedades multig\u00e9nicas, como el c\u00e1ncer.<\/p>\n

\u00bfQu\u00e9 esperan alcanzar con este trabajo, m\u00e1s all\u00e1 de lo que fue para vos desarrollar la Tesis?<\/b><\/p>\n

Continuar con el an\u00e1lisis de los grandes vol\u00famenes de datos generados por las NGS y microarreglos para seguir comprendiendo los mecanismos de los procesos de transformaci\u00f3n neopl\u00e1sica, y poder as\u00ed encontrar nuevos potenciales blancos terap\u00e9uticos.<\/p>\n

Adem\u00e1s, seguir cooperando con otras Instituciones. Durante el trabajo con Bioplat estuvimos trabajando con el grupo Dana-Farber del C\u00e1ncer Institute de la Universidad de Harvard para integrar nuestra plataforma con GeneSigDB. \u00a0Incluso estuvimos realizando algunos aportes en un proyecto de ellos. Tambi\u00e9n trabajamos interdisciplinariamente con la Universidad Nacional de Colombia. Usamos Bioplat para obtener un geneSignature inicial en c\u00e1ncer de pulm\u00f3n que luego ellos analizaron detenidamente.<\/p>\n

\n
EN FOCO: LA MAESTR\u00cdA<\/b><\/address>\n
<\/b>Salgamos un poco de tu tema de Tesis y hablemos de tu experiencia de cursar la Maestr\u00eda.<\/b><\/address>\n
\u201cMachine Learning\u201d, \u201cData Mining en Ciencia y Tecnolog\u00eda\u201d y \u201cRedes Neuronales\u201d fueron las materias de aplicaci\u00f3n m\u00e1s directa para el trabajo en gen\u00f3mica funcional. Pero las otras materias me han permitido conceptualizar ideas e incorporar estrategias y herramientas para el procesamiento y an\u00e1lisis de datos.<\/address>\n
En la materia \u201cData Mining en Ciencia y Tecnolog\u00eda\u201d, el Dr. Marcelo Soria comparti\u00f3 claramente las bases generales de la bioinform\u00e1tica y algunos aspectos de la biotecnolog\u00eda. Eso me sirvi\u00f3 para todo el trabajo que vino despu\u00e9s.<\/address>\n
\u00a0<\/b><\/address>\n
\u00bfTen\u00e9s alguna sugerencia de mejora para la Maestr\u00eda?<\/b><\/address>\n
En particular, me hubiera gustado tener algo m\u00e1s de Bioinform\u00e1tica: creo que deber\u00eda ser una materia en s\u00ed misma y no estar compartida con otros campos de ciencia y tecnolog\u00eda.\u00a0 En realidad, creo que ser\u00eda bueno armar diferentes perfiles de la carrera para adaptarse a los intereses de los participantes. Bioinform\u00e1tica ser\u00eda uno.<\/address>\n
\u00a0<\/address>\n
\u00bfC\u00f3mo ves que los Estudiantes y los Tesistas expongan sus proyectos en las Jornadas de Data Mining?<\/b><\/address>\n
Me parece muy bien. No fui a todas las Jornadas pero algunos de los proyectos presentados por alumnos me resultaron interesantes, tanto los proyectos aplicados a sus trabajos diarios como los trabajos finales de alguna materia o resultados de participaci\u00f3n en competencias.<\/b><\/address>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Mat\u00edas Butti es graduado de la Maestr\u00eda en Explotaci\u00f3n de Datos y Descubrimiento de Conocimiento (UBA). Realiz\u00f3 su Tesis sobre una metodolog\u00eda anal\u00edtica en bioinform\u00e1tica cuyo objetivo es encontrar marcadores con valor pron\u00f3stico y predictivo en c\u00e1ncer de mama a partir del perfil gen\u00e9tico de los pacientes. En esta secci\u00f3n de Predictivos, orientada a conocer qu\u00e9 est\u00e1n haciendo los graduados, Mat\u00edas relata de qu\u00e9 se trata esta novedosa investigaci\u00f3n.<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":32,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_mi_skip_tracking":false},"categories":[3],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/56"}],"collection":[{"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=56"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/56\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":85,"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/56\/revisions\/85"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/media\/32"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=56"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=56"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/datamining.dc.uba.ar\/predictivos\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=56"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}